Гены и миРНК, участвующие в развитии атеросклероза

Аннотация

Атеросклероз является многофакторным заболеванием. miRNA, одноцепочечные молекулы РНК, могут играть важную роль в регуляции экспрессии генов, участвующих в развитии атеросклероза. В работе было изучено связывание миРНК с мРНК генов, ответственных за развитие атеросклероза человека. На основе литературных данных публикаций PubMed была создана база данных из 14 генов, связанных с развитием атеросклероза. Сайты связывания миРНК в мРНК отобранных генов были найдены с использованием программ miRWalk, miRTarBase, TargetScan, miRDB и MirTarget. В mRNA генов, ответственных за развитие атеросклероза, найдено 94 сайтов связывания для 51 миРНК. Из выявленных сайтов связывания миРНК,15 расположены в CDS, 17 - в 5´UTR и 62 - в 3´UTR. Было выявлено, что некоторые мРНК генов, ответственных за развитие атеросклероза имеют несколько сайтов связывания с миРНК. Так гены TNFRSF9 имеет 15 сайтов связывания, LDLR – 11 сайтов связывания, TGFB1 – 14 сайтов связывания. Было показано, что больше всего с мРНК генов, ответственных за развитие атеросклероза связывалась миРНК miR-619-5р. miR-619-5p связывается с геном CD36 с отношением ΔG/ΔGm равным 100%, miR-5096 с ΔG/ΔGm равным 100% связываются с геном IL18. Было установлено, что из всех изученных генов ген TGFB1 является наиболее предпочитаемой мишенью миРНК с высокими показателями, характеризующие степень связывания миРНК с мРНК. Так, с помощью программ miRWalk, miRTarBase, TargetScan и miRDB было показано, что мРНК гена TGFB1 является мишенью для многих миРНК в CDS, 5´UTR и 3´UTR участках.

Ключевые слова: миРНК, мРНК, сайты связывания, атеросклероз, CDS, 5´UTR, 3´UTR, нуклеотидные последовательности.