Изучение разнообразия вирусов рыб в акватории Центрального Каспийского моря методом метагеномного секвенирования

Аннотация

Развитие индустрии аквакультуры подобно любому производственному циклу сопровождается опасностью возникновения инфекционных заболеваний за счет увеличения особей на единице площади. Проблема усугубляется тем, что в аквакультуре как правило используется вода водоема, примыкающего к производственным резервуарам. Это стало причиной того, что вирус, не обладающий эпидемическим потенциалом в экосистеме в силу достаточного редкого соприкосновения особей одного вида, приобретает выраженные патогенные свойства. При этом некоторые новые вирусные патогены невозможно культивировать и получить к ним специфические антитела, что не даёт возможности их идентифицировать при использования традиционных методов клеточных культур или иммуноанализа. Метагеномные исследования являются относительно новым многогранным инструментом, позволяющим изучать и идентифицировать единичные вирусные инфекции или коинфекции различных водных организмов, проводить эволюционно-филогенетический анализ вирусов, определять их геномное разнообразие и осуществлять эпидемиологический мониторинг вирусных инфекций.

В представленной статье показаны краткие результаты работ по определению разнообразия вирусов рыб в акватории Центрального Каспия, полученных в ходе метагеномных исследований при помощи NGS. Было показано наличие ряда РНК и ДНК содержащих вирусов, представляющих потенциальную опасность при развитии аквакультуры региона.

Ключевые слова: Каспийское море, метагеномика, виром, вирусы рыб, разнообразие.