Метагеномдық тізбектеу әдісімен Орталық Каспий теңізінің су аймағындағы балық вирустарының әртүрлілігін зерттеу
DOI:
https://doi.org/10.26577/EJE.2023.v75.i2.06Аннотация
Аквамәдениет өнеркәсібінің дамуы су ағзаларына әсер ететін жаңа вирустық инфекциялар санының артуына әкелді. Сонымен қатар, кейбір жаңа вирустық қоздырушыларды өсіру мүмкін емес және оларға арнайы антиденелер алынбайды, бұл оларды дәстүрлі торша өсіндісі немесе иммунологиялық талдаулар арқылы анықтау мүмкін емес. Вирустық метагеномика мұндай кедергілерді еңсеруге және үлгілерде бұрын сипатталмаған вирустардың болуын олардың геномдық реттілігі, оларға арнайы антиденелердің болуы және оларды өсіру қажеттілігі туралы алдын ала деректерсіз анықтауға мүмкіндік береді. Бүкіл вирустық геномды ертерек зерттеу вирустық геномның әртүрлі сегменттеріне бағытталған бірнеше праймерлерді пайдалануды талап ететін айтарлықтай уақытты қажет ететін тапсырма болды. Жаңа үлгідегі өнімділігі жоғары тізбектеу (NGS) әдістерін енгізу және геномдық библиотекаларды құру метагеномикалық зерттеулерде толық вирустық геномдарды реконструкциялау міндетін айтарлықтай жеңілдетті.
Метагеномикалық зерттеулер – әр түрлі су организмдерінің жеке вирустық инфекцияларын немесе коинфекцияларын зерттеуге және анықтауға, вирустардың эволюциялық және филогенетикалық талдауын жүргізуге, олардың геномдық әртүрлілігін анықтауға, вирустық инфекциялардың эпидемиологиялық мониторинг жүргізуге мүмкіндік беретін көп қырлы құрал.
Ұсынылған мақалада NGS көмегімен метагеномикалық зерттеулер барысында алынған Орталық Каспийдегі балық вирустарының әр алуандығын анықтау жұмыстарының қысқаша нәтижелері көрсетілген. Аймақтың аквамәдениетінің дамуына ықтимал қауіп төндіретін бірқатар РНҚ және ДНҚ вирустарының болуы көрсетілген.
Түйін сөздер: Каспий теңізі, метагеномика, виром, балық вирустары, әртүрлілік.
